Penemuan obat melalui big data. – Warungku Terkini

Majalah Ilmuwan Asia (20 Desember 2022) — Para peneliti dari Sekolah Ilmu Komputer Universitas Wuhan telah menciptakan kerangka komputasi baru yang dapat membantu mereka menemukan obat baru. Kerangka kerja yang menggunakan metode kecerdasan buatan yang disebut jaringan saraf convolutional, memberikan informasi global tentang pengguna narkoba potensial. Studi ini diterbitkan. IEEE Xplore.

Sidik jari obat adalah gambaran abstrak dari fitur struktural spesifik molekul yang menentukan cara paling efektif untuk mengobati penyakit. Tim Universitas Wuhan telah mengembangkan FingerDTA, kerangka kerja penyematan sidik jari untuk memprediksi afinitas obat potensial untuk mengikat target mereka.

Secara umum, para ilmuwan menggunakan beberapa metode untuk penemuan obat. Penyaringan throughput tinggi melibatkan pengujian beberapa senyawa secara bersamaan. Strategi lain menggunakan penambatan molekuler—dengan menganalisis bagaimana protein berinteraksi dengan molekul kecil—untuk memprediksi molekul mana yang mungkin berguna sebagai obat. Pendekatan lain melibatkan memprediksi afinitas obat ke targetnya menggunakan model prediksi afinitas target obat.

Baru-baru ini, para peneliti mulai menggunakan jaringan saraf dalam untuk memprediksi afinitas obat untuk target mereka. Itulah metode yang menjadi fokus para peneliti di Universitas Wuhan untuk studi mereka.

Saat menggunakan metode ini, para ilmuwan menggunakan model pemrograman yang disebut MapReduce untuk memproses data dalam jumlah besar dari ratusan ribu server. Namun, Ketergantungan memori MapReduce dan biaya komunikasi yang tinggi membuatnya tidak cocok untuk menangani data besar.

Karena itu, Peneliti dari Universitas Wuhan telah mengusulkan kerangka komputasi non-MapReduce yang mengurangi biaya komunikasi data dan mengurangi ketergantungan memori.

Menurut tim peneliti, peningkatan prediksi pengikatan target obat dapat mengarah pada penemuan obat baru. Ini dapat menghemat sumber daya manusia dan material yang substansial dan mempercepat penelitian obat. Tim tersebut bertujuan untuk mengimplementasikan FingerDTA dalam platform data besar, termasuk sistem perangkat lunak untuk pengelolaan data; Solusi komputasi terintegrasi yang mengintegrasikan beberapa perangkat dan perangkat keras.

—

Sumber: Universitas Wuhan; Gambar: Shelly Liew/Majalah Ilmuwan Asia

Artikel tersebut dapat ditemukan di: FingerDTA: kerangka kerja penyisipan sidik jari untuk prediksi afinitas pengikatan target obat

Penafian: Artikel ini tidak mencerminkan pandangan warungku atau stafnya.